Перемонтировать с параметром noatime во время резервного копирования?
Когда эта опция включена, резервная копия файловой системы будет перемонтирована с опцией noatime до начала резервного копирования. Это препятствует обновлению времени последнего обращения к каждому файлу при чтениях файлов, выполненных процессом резервного копирования, и, таким образом, снижает активность диска.

По завершении резервного копирования исходные параметры монтирования файловой системы будут восстановлены.